Cytoscape生物信息分析工具是一款便捷的廣泛的應(yīng)用在生物信息學(xué)領(lǐng)域的軟件，Cytoscape生物信息分析工具能夠高效的幫助用戶們進行可視化的復(fù)雜生物分子交互分析，Cytoscape生物信息分析工具擁有便捷的數(shù)據(jù)導(dǎo)入、布局分析等等功能提供給你便捷的進行生物學(xué)研究的使用，方便的給你帶來很好的數(shù)據(jù)分析使用體驗，感興趣的用戶快來KK下載體驗吧~

Cytoscape生物信息分析工具亮點

Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來導(dǎo)航和查看網(wǎng)絡(luò)。ZUIs使用兩種導(dǎo)航機制:縮放和平移。縮放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來增加或減少視圖的放大

節(jié)點和邊緣列數(shù)據(jù)

交互網(wǎng)絡(luò)作為獨立的模型是有用的。然而，當(dāng)與其他信息結(jié)合在一起時，它們對于回答科學(xué)問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點、邊緣和網(wǎng)絡(luò)信息作為節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中

Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應(yīng)用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應(yīng)用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫導(dǎo)入數(shù)據(jù)。另一個應(yīng)用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡(luò)的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應(yīng)用程序。大多數(shù)應(yīng)用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發(fā)的。

如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應(yīng)用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應(yīng)用。

Cytoscape生物信息分析工具特色

互操作性

由于Cytoscape支持導(dǎo)入/導(dǎo)出標(biāo)準(zhǔn)文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由igraph或Bioconductor生成的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，Cytoscape可以將該文件以文本表的形式加載，并以PSI-MI格式導(dǎo)出，供其他生物信息學(xué)工具或你自己的應(yīng)用程序/腳本使用。

從3.3版本開始，Cytoscape支持RESTfulAPI的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)，應(yīng)用布局，或圖像導(dǎo)出。

會話文件

你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設(shè)置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話(.cys)文件。Cytoscape會話文件包括網(wǎng)絡(luò)、屬性(節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡(luò))、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風(fēng)格。

布局

在二維空間布局網(wǎng)絡(luò)。有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導(dǎo)向、邊緣加權(quán)和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應(yīng)用程序用戶界面的手動布局工具。

圖像導(dǎo)出

您可以將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出為可發(fā)布的高質(zhì)量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過其他應(yīng)用程序(如Adobe**)進行修改，以進一步增強。

VizMapper

使用強大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡(luò)上查看基因表達比和p值的疊加。表達數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點顏色、標(biāo)簽、邊界厚度或邊界顏色等。

篩選

過濾網(wǎng)絡(luò)，以根據(jù)當(dāng)前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點和/或相互作用的子集。例如，用戶可以根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點、共享特定GO注釋的節(jié)點，或在一個或多個條件下基因表達水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點。您可以從過濾結(jié)果中創(chuàng)建新的網(wǎng)絡(luò)。

檢索

從搜索窗口搜索目標(biāo)節(jié)點和邊。Lucene語法支持任意復(fù)雜的查詢。

瀏覽

放大/縮小和平移瀏覽網(wǎng)絡(luò)。使用網(wǎng)絡(luò)管理器可以輕松組織多個網(wǎng)絡(luò)。而且這種結(jié)構(gòu)可以保存在會話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)(100,000+節(jié)點和邊)。

查找模塊/集群

尋找活躍的子網(wǎng)絡(luò)/途徑模塊。根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)對網(wǎng)絡(luò)進行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網(wǎng)絡(luò)，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達水平。每個子網(wǎng)絡(luò)中包含的相互作用為控制觀察到的表達變化的調(diào)控和信號傳導(dǎo)相互作用提供了假設(shè)。在任何加載到Cytoscape中的網(wǎng)絡(luò)中找到簇(高度相互連接的區(qū)域)。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的簇已被證明是蛋白質(zhì)復(fù)合物和途徑的一部分。蛋白質(zhì)相似性網(wǎng)絡(luò)中的簇代表蛋白質(zhì)家族。

應(yīng)用管理器和應(yīng)用商店

可用于網(wǎng)絡(luò)和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進行數(shù)據(jù)分析、導(dǎo)入和可視化。更多的Apps可以在CytoscapeAppStore中找到。你可以在AppManager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從AppStore中安裝(這是Cytoscape3的一個功能)。

Cytoscape生物信息分析工具特點

Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來導(dǎo)航和查看網(wǎng)絡(luò)。ZUIs使用兩種導(dǎo)航機制:縮放和平移。縮放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來增加或減少視圖的放大

節(jié)點和邊緣列數(shù)據(jù)

交互網(wǎng)絡(luò)作為獨立的模型是有用的。然而，當(dāng)與其他信息結(jié)合在一起時，它們對于回答科學(xué)問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點、邊緣和網(wǎng)絡(luò)信息作為節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中

Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應(yīng)用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應(yīng)用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫導(dǎo)入數(shù)據(jù)。另一個應(yīng)用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡(luò)的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應(yīng)用程序。大多數(shù)應(yīng)用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發(fā)的。

如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應(yīng)用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應(yīng)用。

使用說明

一、輸入文件

支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導(dǎo)出圖像，樣式可以做豐富的調(diào)整，智能的選擇過濾。

1、 edge文件格式：

tsv(制表符分隔的txt是一樣的)，csv(逗號分隔的)，xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節(jié)點，第三列是目標(biāo)節(jié)點，第二列是兩者的相互作用關(guān)系，Cytoscape生物信息分析工具的作用關(guān)系標(biāo)示了不同類型，在后面的網(wǎng)絡(luò)設(shè)置中大家可以看到它的妙處，而Cytoscape生物信息分析工具的source與target都是數(shù)字，怎樣轉(zhuǎn)換為我們想看到的基因名字呢，Cytoscape生物信息分析工具也是先留一個問題，后面解釋。

2、 node屬性文件

可以導(dǎo)入，可以用來解決我們上面的問題，將edge文件中的數(shù)字替換成可視化的簡單的基因名字。

二、導(dǎo)入數(shù)據(jù)

可以點擊上面的物種名字選擇一個實例來學(xué)習(xí)，也可以直接選擇空的network用來導(dǎo)入數(shù)據(jù)，例如我選擇了Arabidopsis，就出現(xiàn)了如下的界面，圖示的是一個已經(jīng)做好的網(wǎng)絡(luò)的例子：

用戶界面

1、 導(dǎo)入數(shù)據(jù)

2、 導(dǎo)入屬性文件

3、 布局

三、高級功能

1、調(diào)整樣式

(1)基本樣式

(2)節(jié)點樣式

(3)邊樣式

2、改節(jié)點名稱

3、改邊的顏色

4、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)各項指標(biāo)統(tǒng)計

得到的結(jié)果會出現(xiàn)在一個新的面板當(dāng)中：

5、改變節(jié)點大小

Cytoscape生物信息分析工具需要強調(diào)很重要的一點是，在對Cytoscape生物信息分析工具的改變節(jié)點大小進行操作之前，如果是想通過節(jié)點連接的邊的數(shù)量進行梯度設(shè)定的話，是必須要進行上面第四步的統(tǒng)計分析的，否則沒有Degree選項出現(xiàn)：

雙擊上面梯度設(shè)置的區(qū)域可以出來控制面板進行修改：

四、選擇過濾

1、節(jié)點的選擇

2、子網(wǎng)絡(luò)的選擇與分離

六、導(dǎo)出圖片

數(shù)據(jù)的導(dǎo)出可以是網(wǎng)絡(luò)文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對比圖標(biāo)的形態(tài)，下圖所示的左側(cè)兩個是快速導(dǎo)入文件的圖標(biāo)：

生物信息分析軟件(Cytoscape)

七、表達分析

Cytoscape還可以導(dǎo)入基因的表達值，將不同的表達值進行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分數(shù)據(jù)所以將網(wǎng)絡(luò)上學(xué)到的圖片做了幾個截圖：

八、其它

Cytoscape提供了很多外接的數(shù)據(jù)庫，右鍵點擊相應(yīng)節(jié)點，出現(xiàn)的選項里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數(shù)據(jù)庫：

此外，基于大量功能強大的插件的開發(fā)，以下的功能也很全面：

GO分析：BiNGO

Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

模塊與復(fù)合物分析：jActiveModules+BiNGO